La Sala Collezioni speciali, voluta dal direttore Domenico Gnoli (1881-1909), raccoglie libri a stampa, manoscritti, stampe, incisioni, fotografie, carte geografiche o addirittura oggetti tridimensionali dedicati alle sezioni di Geografia, delle Collezioni Orientali e della Sezione Romana. La Sezione Romana consiste attualmente di circa quattrocento mappe di Roma, che vanno dal Quattro e Cinquecento fino ai piani regolatori del XX secolo, ma anche, per esempio, di guide per i pellegrini, veri Baedeker ante litteram. Tra le mappe più importanti si segnalano quella di Pirro Ligorio (1561), ripresa da Le Corbusier e la prima grande pianta barocca (1618), di Matthäus Greuter, con dedica a Paolo V. Inoltre un unicum nel suo genere è la pianta di Maggi-Maupin del 1625 perché, oltre ad essere la più grande pianta di Roma esistente, è una pianta che consente di conoscere la Roma dell’epoca, per esempio: il Tevere che nel centro di Roma si poteva attraversare solo in tre punti e le grandi navi che arrivavano fino al porto di Ripetta. La Sala contiene anche il Fondo Ceccarius, importante collezione di fotografie raccolte da Giuseppe Ceccarelli per documentare i cambiamenti della città di Roma nel novecento.